Las reglas dictaban que se podían tener solo 3 extranjeros, pero el equipo tenía 11 gracias a 8 nacionalizados. A las órdenes de Manolo Cardo, gracias a su exquisita técnica y visión de juego, se convirtió en cerebro y director de orquesta para la línea media del conjunto sevillista, llegando a lograr la clasificación para la disputa de la Copa de la UEFA en dos temporadas consecutivas (1981/82 y 1982/83). Tras la marcha del técnico coriano, Francisco estuvo a punto de ser traspasado al FC Barcelona, entidad que se había mostrado vivamente interesada por el jugador ursaonense antes de la disputa del Mundial de 1986. Sin embargo, una oferta considerada insuficiente y la prematura pérdida de su padre, fallecido a los tres días de regresar de Méjico, hicieron que Francisco se decantara por firmar un contrato de siete años con el Sevilla Fútbol Club, camiseta manchester united esperando finalizar su carrera deportiva en Nervión.
